17世紀末，清中央政府首次管理西藏地方大活佛轉世事務。

　　1682年，五世達賴喇嘛圓寂，第司（職官名）桑杰嘉措(sde pa sangs rgyas rgya mtsho，1679-1703) 為了與蒙古和碩特汗王爭權，匿喪不報，秘密尋訪認定轉世靈童。1696年，康熙皇帝了解到真相后，批準第巴桑結嘉措認定的倉央嘉措（tshangs dbyangs rgya mtsho，1683-1706）為六世達賴喇嘛。1697年，倉央嘉措被迎請到浪卡子，由五世班禪額爾德尼剃度、授沙彌戒、取法名，在布達拉宮坐床?？滴趸实郏?654-1722）派二世章嘉活佛（1642-1714）照料坐床。這是清中央政府首次管理達賴喇嘛的轉世事務，也是直接管理西藏地方大活佛轉世事務的開端。

　　1705年，和碩特汗王拉藏汗（1656-1717）殺桑杰嘉措，廢黜倉央嘉措，并解送北京，另立意希嘉措（ye shes rgya mtsho）為六世達賴喇嘛。康熙皇帝為了穩定西藏社會，同意拉藏汗所請，賜意希嘉措金印。西藏僧俗和青海蒙古諸部不滿拉藏汗的廢立行為，認定今四川理塘出生的格桑嘉措（bskal bzang rgya mtsho, 1708-1757）為倉央嘉措的轉世，青海蒙古首領將格桑嘉措迎往青海塔爾寺。清朝為爭取西藏僧俗和青海蒙古首領的支持，承認了格桑嘉措。1720年，康熙皇帝冊封其為“弘法覺眾第六輩達賴喇嘛”（后在乾隆時排序為七世達賴喇嘛），并命皇子允禵攜金印金冊至塔爾寺封賜。

　　從1697年至1720年，圍繞五世達賴喇嘛轉世靈童問題的爭斗，令清朝充分認識到管理好達賴喇嘛轉世對穩定蒙藏的關鍵作用。為此，清朝政府不斷加大對活佛轉世管理的力度。

　　1725年，清朝發布命令，由當地世俗貴族管理西藏事務。1727年，西藏上層內亂。清朝出兵平亂，設立駐藏大臣，監督西藏的地方行政、宗教等事務，并將七世達賴喇嘛移駐四川泰寧。1735年，雍正皇帝（1678-1735）派人護送七世達賴喇嘛回拉薩，令頗羅鼐（pho lha ba bsod nams stobs rgyal，1689-1747）掌管西藏事務，達賴喇嘛管理格魯派宗教事務。1750年，珠爾墨特那木扎勒（vgyur med rnam rgyal，？-1750）叛亂，殺駐藏大臣，清朝再次派兵平亂。1751年，頒布《酌定西藏善后章程十三條》，確立達賴喇嘛政教合一，與駐藏大臣共同管理西藏事務的行政制度。

　　1737年，五世班禪額爾德尼圓寂，清中央政府對其轉世靈童認定過程進行管理。1740年，經扎什倫布寺喇嘛尋訪、護法神降神,七世達賴喇嘛派代表會同西藏地方政府官員共同確認了五世班禪額爾德尼的轉世靈童，并由駐藏大臣紀山向乾隆皇帝報告，獲得批準。七世達賴喇嘛給靈童取法名為羅桑班丹益希（blo bzang dpal ldan ye shes，1738-1780）。1741年，靈童在扎什倫布寺舉行坐床典禮，乾隆帝特派專使由頗羅鼐陪同前往祝賀。

　　1757年，七世達賴喇嘛圓寂，乾隆皇帝派三世章嘉呼圖克圖（1717-1780）進藏，主持轉世靈童的尋訪、認定，同時任命第穆活佛阿旺絳貝德勒嘉措（ngag dbang vjam dpal bde legs rgya mtsho，1722-1777）攝政，代行達賴喇嘛的政教權力，建立了中央政府在達賴喇嘛圓寂到新一世達賴喇嘛親政期間，任命攝政代行達賴喇嘛職權的攝政制度。

　　三世章嘉呼圖克圖經與六世班禪額爾德尼察驗，認定后藏托布加（今南木林縣）兒童為轉世靈童。經乾隆皇帝批準，靈童于1761年被迎入扎什倫布寺，六世班禪額爾德尼為其剃度，起名為絳貝嘉措(vjam dpal rgya mtsho，1758-1804)。1762年，經乾隆皇帝批準，在布達拉宮坐床，是為八世達賴喇嘛。乾隆皇帝特派喀爾喀蒙古親王和青海塔爾寺駐京活佛阿嘉呼圖克圖看視坐床。1781年，乾隆皇帝依例冊封。1784年，令八世達賴喇嘛親政。