噶瑪噶舉派高僧噶瑪拔希（karma pakshi，1204-1283）因在元憲宗去世后的汗位之爭中失勢，1264年返回噶瑪噶舉主寺楚布寺，1283年圓寂。噶瑪拔希出生在今四川甘孜州，幼年被認為是噶瑪噶舉派的創立者都松欽巴（dus gsum mkhyen pa，1110-1193）的轉生。噶瑪拔希圓寂前對西藏各教派的形勢和噶瑪噶舉派未來發展做了思考，想到采用轉世的辦法來選拔教法傳人，以保證該派香火的延續。他委任鄔堅巴·仁欽貝（u rgyan pa rin chen dpal，1230-1309）為楚布寺的住持，令其尋找自己的轉世。1288年，鄔堅巴·仁欽貝通過訪查、讓幼童辨識噶瑪拔希遺物等方式，確定今西藏吉隆縣一位陶匠的兒子攘迥多吉（rang vbyung rdo rje，1284-1339）為噶瑪拔希的轉世靈童。攘迥多吉成為藏傳佛教歷史上第一位轉世活佛。噶瑪噶舉派以都松欽巴為這一轉世系統的第一世、噶瑪拔希為第二世，攘迥多吉為第三世（參見圖版83）。元憲宗曾賜噶瑪拔希金印和金邊黑帽。從此，這頂黑帽成為噶瑪噶舉派噶瑪巴（亦稱黑帽系）活佛系統傳承的標志。攘迥多吉被迎入楚布寺后，7歲受沙彌戒，18歲受比丘戒，并參加僧團活動。這一做法成為后世活佛必須遵循的成規。

　　1333年和1337年，應元文宗（1304-1332）和元順帝（1320-1370）的召請，攘迥多吉兩次前往大都（今北京），為皇室說法。元順帝先后封他為“圓通諸法性空佛噶瑪巴”、“灌頂國師”，賜玉印、金字圓符、金銀珠寶和一些寺院。中央王朝的冊封和賞賜，是噶瑪噶舉派活佛獲得崇高政教地位和穩固經濟基礎的重要條件，為這一系活佛的存續和發展奠定了堅實的基礎。

　　攘迥多吉的弟子扎巴僧格（grags pa seng ge，1283-1349）在攘迥多吉進京時主持楚布寺，因學識和道行卓異而被元順帝封為灌頂國師，并獲賜一頂紅帽。1349年，扎巴僧格圓寂后，噶瑪噶舉派尋訪并確定喀覺旺波（mkhav spyod dbang po，1305-1405）為噶瑪巴紅帽系二世活佛。由此開始了該派夏瑪巴（亦稱紅帽系）活佛的轉世。

　　元明之際噶瑪噶舉派活佛均受到中央王朝的冊封，并定期向朝廷進貢，履行職責。攘迥多吉的轉世若必多吉（rol pavi rdo rje，1340-1383）出生在今西藏邊壩縣境內，1352年被迎請到楚布寺，被確定為四世噶瑪巴活佛后，曾受當時西藏地方的帕竹政權的首領大司徒絳曲堅贊（byang chub rgyal mtshan，1302-1364）的接待，進藏的元朝宣政院院使也曾經看視他。1360年應元順帝之詔前往北京，受封為“持律興教大元國師”，并受賜水晶印。1374年開始每年派使向明朝進貢。